Институт магистратуры является административным структурным подразделением ФГБОУ ВО «МГУПП», деятельность которого направлена на координацию развития направлений подготовки магистратуры, повышение качества подготовки магистров, обеспечение внутренней и международной конкурентоспособности магистерских программ университета.